低溫冷凍干燥機利用全封閉壓縮式制冷系統對經空壓機排出的壓縮空氣冷卻降溫，使其中的水氣迅速達到飽和，并使其大部分凝結成水滴，積聚后由排水器排出，并除去部分油份。干燥后的壓縮空氣，通過管道進入精密過濾器，除出剩下的油份和灰塵雜質，達到除水、除油、除塵、凈化氣源之目的。
低溫冷凍干燥機的操作步驟：
1）將樣品放入物料盤中，再將物料盤放入凍干架上，放置并固定好樣品溫度傳感器，將凍干架放入冷阱中，蓋好保溫蓋進行預凍，預凍到樣品凍結并保持一段時間。
2）將預凍好的物料盤連同凍干架一同從冷阱中取出，并將支撐盤放置在冷阱阱口上方，將凍干架放置到支撐盤上，罩上玻璃罩。
3）擰緊充氣閥門，點擊屏幕上“真空計”按鈕，屏幕顯示真空度為110KPa，然后點擊“真空泵”按鈕開啟真空泵。真空度迅速下降，至真空度≤10Pa為正常。
4）經過長時間的干燥運轉，查看樣品曲線，目測樣品已干燥，即可打開真空充氣閥后，點擊“真空泵”按鈕，真空泵停止運行。點擊“真空計”按鈕，真空計關閉。
5）取下玻璃罩，從凍干架上取出物料盤，盤中樣品包裝后，普通配置干燥進行完畢。點擊“制冷機”按鈕，關閉壓縮機，設備停止運行。
低溫冷凍干燥機的使用注意事項：
1、用其制備樣品應盡可能擴大其表面積；
2、需全部凍結成冰，如有殘留液體會造成氣化噴射；
3、注意冷阱約為零下60度，可以做低溫冰箱使用，但必須戴保溫手套操作防止凍傷；
4、啟動真空泵以前，檢查出水閥是否擰緊，充氣閥是否關閉，有機玻璃罩與橡膠圈的接觸面是否清潔無污物，良好密封。
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